Nová tvrz vznikla pravděpodobně po roce 1345 na místě dnešního domu čp. 15 a domu čp. 13, přímo v centru obce. V té době byla součástí poděbradského panství. Roku 1357 ji drželi Mikuláš a Jan Baretek, roku 1392 Mikuláš z Chotějovic a roku 1447 Hynek z Chotějovic. Po roce 1414 byla ves připojena k hradišťskému panství.

Tvrz byla chráněna vodním příkopem a směrem ke stavení na okraji příkopu hradbou dřevěného plotu. Stavení bylo dřevěné, omazané jílovou maltou. Střecha byla dřevěná s rákosovými došky. Kaplička a pohřebiště se nacházely v prostoru dnešního hřbitova. Obdělávaná pole ležela v oblasti dnešní obce směrem k Homolce.

Do roku 1910 se na tomto místě zachovalo tvrziště v podobě pahorku obklopeného příkopem a valem a také pozůstatek bývalého špýcharu se zbytky žita a pšenice v zuhelnatělém stavu na dubových fošnách. Pro nedostatek vzduchu se vše uchovalo v tomto stavu. Seník se nacházel severně, směrem k Oboře.

Jak uvádí Mgr. Andrej Lamprecht z Polabského muzea v Poděbradech, na místě dnešní obce a v jejím bezprostředním okolí žili lidé už dávno předtím, protože jim vyhovovala poloha na malé vyvýšenině na břehu řeky. Bohužel, obec Choťovice nebyla nikdy předmětem výraznějšího zájmu archeologů, a proto jsou naše znalosti o její „nepsané“ minulosti velmi omezené.

Na popsaném tvrzišti nikdy neproběhl archeologický výzkum a lokalita unikla i pozornosti badatelů, kteří se tvrzím systematicky věnovali. Jediný krátký popis uvádí Dr. Jan Píč:
„Uprostřed vsi, po pravé straně kostela na břehu rybníka, jest tvrzka dosud úplně zachovalá i s příkopem a valem, na které se dnes tři baráky rozkládají se svými zahrádkami. Místo se zove ‚Na hradě‘. I zde nalezeny stopy staré české kultury, střepy. Stojí na něm dům č. p. 15 a dva jiné baráky.“
(Památky archeologické a místopisné, XV, 1891)

Bohužel, ještě před první světovou válkou byly kamenné základy tvrze rozprodány na stavební materiál.

Naše skromné poznatky o choťovické tvrzi pomohl doplnit pan Slavíček, předcházející majitel domu č. p. 15 — prakticky celý život na tvrzišti, které leželo na jeho pozemku, sbíral keramiku. Z celého souboru se sice zachovala jen malá část, její analýza však přinesla překvapivé výsledky. Kromě početných fragmentů středověké a novověké keramiky soubor obsahoval i dvě nádobky (poháry) z období lužické kultury, několik fragmentů ze starší doby římské a především početný materiál z hradištního období (9.–10. století), který naznačuje, že tvrz (a obec Choťovice) zde stály dávno předtím, než byla jejich existence zaznamenána písemně.

Na místě bylo rozpoznáno víc než třicet mohyl různé velikosti. Nejzajímavější je mohyla č. 4 — asi 70 cm pod povrchem se našly tři pohřby dospělých v dubových rakvích a po pravém boku hrobu č. 1 dětský hrob. Hroby neobsahovaly téměř žádné milodary (jen jednu keramickou nádobu). Na základě toho lze usuzovat, že se jednalo už o křesťany.

V roce 1987 byl mohylník na Mírkovci vyhlášen za kulturní památku. V té době bylo v terénu rozeznatelných jen dvanáct mohyl.

Zbývající archeologické nálezy jsou bohužel jen dílem náhody — byly nalezeny při melioracích či jiných polních činnostech. Přesto je nelze podceňovat. Keltské bronzové náramky nalezené na více místech, spolu s osmi kostrovými hroby ze stejné doby z lokality „Babí důl“, ukazují na dosud neznámé osídlení v nejstarší fázi doby laténské.

Další vodní tvrze se nacházely pod Bání, na Zámečku a pod Korcemi. Mezi lety 1521–1537 se pernštejnský majetek výrazně zvětšoval i ve východních Čechách. Chlumecké panství se za Vojtěcha a Jana z Pernštejna rozšiřovalo přikupováním dalších statků a vesnic. Ve výsledné podobě zahrnovalo město Chlumec nad Cidlinou a vsi Nové Město, Kladruby, Písek, Kosičky, Kosice, Třesice, Stará Voda, Chudeřice, Káranice, Štít, Chýšť, Malé Výkleky, Klamoš, Újezd, Ostronice, Liples, Pamětník, Lučice, Rtánov, Lužec, Skochovice, Vlkov, Lovčice, Lišice, Převýšov, Levín, Olešnice, Nepolisy, Mlékosrby, Babice atd.

Z bývalého hradišťského panství šlo o městečko Žiželice a vsi Končice, Korce, Choťovice, Žehuň, Dlouhopolsko, Dobšice, Bludy, Báně, Loukonosy, Hradištko, Kundratice, Rasochy, Hlavečník, Kolesa, Komárov, Strašov, Újezd, Ostrovnice, Přepychy, Vápno, Olejnice, a část pozemků v Běruničkách a Opolanech.

Choťovice mají mírně nepravidelnou náves. Měří přibližně 150 × 100 metrů. Vykazuje však náběh téměř k městskému řešení díky částečně pravidelně vybíhajícím ulicím. Ves měla před rokem 1654 deset usedlostí, chalup a dva domky. Napuštění rybníka výrazně změnilo situaci obce tím, že se ocitla bezprostředně na jeho břehu.